突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
中原王朝大兴国，一起隐秘的陈年旧事，引发当朝贤相身陷囹圄，家破人亡，不谙世事的相府大小姐受尽苦楚，一心寻找背后真相，与那远离朝堂纷争的二皇子相遇，遂女扮男装，伴其左右，潜伏在暗中调查自家冤案，在寻找真相的过程中与高冷的二皇子暗生情愫。
