突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
东方月初获得一气道盟比武大赛的冠军时，涂山正面临严峻的考验。黄风岭大当家金麟灵的兄弟被人类所杀，涂山红红力推的妖盟陷入困境。为了向人妖和平的目标继续努力，红红只身前往黄风岭。在那里，是凤牺精心布下的陷阱……
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
这是一个灵气为王的世界，谁拥有吞天噬月的灵力，谁就是大主宰！ 大千世界，万道争锋。主宰之路，谁主沉浮？ 少年牧尘，资质卓绝，出生于北灵境九大域之一牧域。父亲是牧域之主牧锋，如今已是北灵盟盟主，母亲清衍静是浮屠古族的神女，在其年幼时为保护儿子和丈夫而被迫离开。从此牧尘立下誓言，将来一定要找回母亲。 在经历腥风血雨后，解救母亲，成为浮屠古族的族长。在万古会中，牧尘成功获得万古不朽身，跻身大千世界颠峰层次的存在之一，为了拯救大千世界的生灵，牧尘闭关五年后，突破出关超脱圣品，与炎帝“萧炎”、武祖“林动”合力对战天邪神。他们消灭了为祸人间的邪族，并以世界之力净化被域外邪族夺走的另一半的大千世界。最终，牧尘成功在苍穹榜上留下完整真名，并将其命名为"主宰境"，与萧炎、林动一起成为大千世界的守护者。
