突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
为救治重病妹妹，他被迫参加致命内鬼游戏。被困绝境，找出内鬼可得百万赏金，判断失误便会殒命。众人都以为只有一名内鬼，死亡却不断上演。他觉醒真理之眼，看破所有人的谎言伪装，揪出潜藏的全部内鬼，揭开游戏幕后的惊天阴谋。
