突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
东方月初获得一气道盟比武大赛的冠军时，涂山正面临严峻的考验。黄风岭大当家金麟灵的兄弟被人类所杀，涂山红红力推的妖盟陷入困境。为了向人妖和平的目标继续努力，红红只身前往黄风岭。在那里，是凤牺精心布下的陷阱……
在文明遍布星河的银河系，星际拾荒者凯恩与养父老杰克，搭乘“破晓号”飞船漂泊宇宙，靠打捞太空垃圾维生。一次意外，他获得了蕴含改变银河系命运的远古星核碎片。邪恶组织“虚空收割者”正搜寻碎片，妄图启动“归零协议”，释放暗黑势力覆灭银河。凯恩邂逅前星际联盟特工薇拉，二人并肩作战，对抗黑暗势力，粉碎阴谋，守护人类与银河系的存续。
月岛星璃（久住小春 配音）是一个活泼可爱整天没心没肺的女孩，一次偶然中，星璃在救一只小乌龟的时候不慎从树上掉了下来，并被一个神秘而又英俊的男人给接住了，这个男人名叫日渡星司（陶山章央 配音），而星璃所救的小乌龟正是他的宠物。为了报答星璃，星司给了星璃一张演唱会的入场券，深深的被星司的温柔和帅气所吸引的星璃在演出当天来到了会场，却在误打误撞之中进入了后台，遇见了个性粗暴傲娇的风真宙人。原来，星司和宙人正是当红偶像团体SHIPS的两名成员，而星璃也在机缘巧合之下许下了想要成为偶像的承诺。
