突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
深夜便利店迎来怪事连连，打工人林小满入职后，发现同事与客人全是鬼魂。她靠着嘴炮和脑洞化解一桩桩灵异闹剧，却意外卷入神秘组织 “归墟” 的阴谋。城郊水库、废弃病院接连浮现诡异线索，店长的过往、阴阳眼的秘密也逐渐浮出水面，危机步步紧逼。
出玄武世界，寻终极武道。生命如枯叶般败落，灵魂埋葬破碎山河，龙族傲骨犹在，生前死后不屈！傲骨悲歌，皆为玄武世界而战！
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
