突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
深渊中，魔物冲出深渊，人类召唤英灵侵害对抗，楚休觉醒了英灵里最低级的灵器，被父亲唾弃、被少年弟弟感动、被众人为之，却凭借金手指万魂拂乾坤，不仅追查了屠杀自己深渊的人，同时还查到了母亲死亡的原因，并找到了母亲的真身，解开邪神教会不为人知的秘密，最终成为蓝星守护者。
故事主要讲述出身昆仑星的少年术师缇可只身携带龙图来到地球，希望收服24节气守护灵，挽救故乡的危机。阴差阳错之下，龙图落到地球小男孩夏天手里，并承认其为主人。在收服守护灵的过程中，形形色色或敌或友的角色纷纷登场。缇可、夏天结识了众多朋友，也遭遇了重重挫折，同时，隐藏在龙图之中的惊人真相开始逐渐显现。
