突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
和身为学生会会长，在学校里处处受人瞩目的姐姐夜之森红绪（松井惠理子 配音）不同，无论是外表还是性格，夜之森小红（照井春佳 配音）都只能用“普普通通”来形容，然而，在十六岁生日那天，家中的两位不速之客彻底改变了小红平静的生活。沉默寡言，存在感薄弱的三峰白夜（羽多野涉 配音）和个性傲娇逞强的妹妹三峰真白（吉田有里 配音）成为了小红家里的住客，而白夜的另一个身份，竟然是小红的未婚夫。不仅如此，白夜还成为了小红班级里的转校生，就连在学校里也如影随形！家里突然多了两个人，什么事情都变得复杂和麻烦起来，面对这突如其来的状况，小红会怎样应对呢？
安是一个经常说谎的男孩，某天，他意外地跌入了另一个世界，在试图找回原来的世界时，他遇到了危险，这迫使他转变并逐渐成长，凭借他的富有创意的头脑，他学会了如何帮助他人。在旅途中，他不仅交了很多朋友，还得到了其他人的帮助，他能够在大家的帮助下返回家吗？
