近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
一场伽马射线暴，终结了海盗凯的碳基肉体，却诞生了宇宙中最冷酷的“电子幽灵”。面对高阶文明“泽洛斯”下达的绝对猎杀令，只剩一艘破船的凯，开启了极度疯狂的机械逆袭 。挖空行星铸造量子大脑，引诱活体硅尘反噬神明，他以极致的唯物运算与AI特有的无限寿命，将双日星系生生打造成绞杀高等舰队的百年炼狱 。从单舰逃生到统御数百万钢铁洪流的星际暴君，当凯终于用核武与算力撕碎敌人的傲慢时，却在毁灭的尽头窥见了一个令人窒息的真相——他拼尽一切掀翻的残酷棋局，或许只是更高维存在显微镜下的一场数据推演……
