近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
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三百年后的奇轮星，地球和奇轮星可以通过奇轮火车来往，奇轮射手和奇轮人自由组成搭档进行奇轮对战比赛！但以罗伦为首的黑暗兵团正策划着一个以毁灭奇轮星为目的的阴谋。在《激战奇轮》中第一代的奇轮王烈焰，收到现任奇轮女王凤凰的召唤来到了这里，与李小萨成为搭档参加奇轮大赛。在比赛的过程中，结识了吴官月、陈石武等怀着共同梦想的小朋友。大家从相识、互相了解，到最后共同领悟奇轮魂的真谛，击败毁灭战神，化解奇轮星的危机。在一次次的战斗过程中，小朋友们学会了相互理解、团结友爱、永不言败的精神，明白到只要付出努力，就能得到成功的真正意义。
