近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
一连串人类恶鬼化案件的现场，都拍到了与男主长得一模一样的凶手。女主收到地府方面的通缉令，将男主逮捕归案等待黑白无常审判。为洗脱罪名，男主逼不得已用计胁迫女主一起查明真相。随着案件逐渐清晰，两人揭开了一连串人类恶鬼化案件的阴谋以及凶手和男主的关联，原来一切都在幕后黑手的掌握中……
