近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
内容来自于《我的同学是美人鱼2》正片。朋友们的真心与爱呼唤小紫启动泡泡宝石能量，小紫重获新生，却意外失去了魔法力量。与此同时，黑曜石悄然隐匿，为未来的风暴蓄势。为应对未知危机，白金女王赠予公主们一座秘密基地与升级的捕捉器，引领她们踏上新的征途。公主们面对前所未有的挑战，陷入困境，但在一本尘封的“秘密日记”指引下，她们解锁了各自独特的魔法色彩，绽放出耀眼光芒，并成功击败敌人。此时，神秘人物的出现为公主们带来了泡泡宝石的线索，也促进了她们之间的团结合作。然而，正当公主们准备充分时，新反派横空出世，夺走了泡泡宝石。公主们意识到，唯有集合所有魔法力量，才能对抗这一前所未有的威胁。
