新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
讲述了好朋友鲍比和罗米不小心打开了一扇通往另一个世界的大门，将他们的沿海小镇变成了恐怖生物的聚集地，他们必须与现实中的怪物和内心的怪物作斗争。
