新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
内容来自于《我的同学是美人鱼2》正片。朋友们的真心与爱呼唤小紫启动泡泡宝石能量，小紫重获新生，却意外失去了魔法力量。与此同时，黑曜石悄然隐匿，为未来的风暴蓄势。为应对未知危机，白金女王赠予公主们一座秘密基地与升级的捕捉器，引领她们踏上新的征途。公主们面对前所未有的挑战，陷入困境，但在一本尘封的“秘密日记”指引下，她们解锁了各自独特的魔法色彩，绽放出耀眼光芒，并成功击败敌人。此时，神秘人物的出现为公主们带来了泡泡宝石的线索，也促进了她们之间的团结合作。然而，正当公主们准备充分时，新反派横空出世，夺走了泡泡宝石。公主们意识到，唯有集合所有魔法力量，才能对抗这一前所未有的威胁。
月岛星璃（久住小春 配音）是一个活泼可爱整天没心没肺的女孩，一次偶然中，星璃在救一只小乌龟的时候不慎从树上掉了下来，并被一个神秘而又英俊的男人给接住了，这个男人名叫日渡星司（陶山章央 配音），而星璃所救的小乌龟正是他的宠物。为了报答星璃，星司给了星璃一张演唱会的入场券，深深的被星司的温柔和帅气所吸引的星璃在演出当天来到了会场，却在误打误撞之中进入了后台，遇见了个性粗暴傲娇的风真宙人。原来，星司和宙人正是当红偶像团体SHIPS的两名成员，而星璃也在机缘巧合之下许下了想要成为偶像的承诺。
百年前，多位法力神通的少林高僧合力将一位拥有无上功法的妖人封印。当这段历史即将被人遗忘时，少林迎来了一场灭顶之灾，巨大的破坏让封印有了一丝裂痕，这位不死的妖人将灵魂附身在了一位手无缚鸡之力的僧童身上。随着僧童逃跑，踏足武林，一场新的腥风血雨才刚刚开始。
