新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
蝶族公主惊澜真身显露后历经波折，于极寒冰原邂逅寂尘。二人相伴相守，她逐步觉醒赤焰琉璃蝶的高阶血脉，厘清过往真相，化解族群危机。最终她革除等级旧规，与寂尘和孩子一同开启蝶族平和繁盛的新生活。
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