新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
主人公小俊意外认识了来自马奇纳星球的警车机器人——炫蓝闪电，并得知地球上现在潜伏着很多来自马奇纳星球的炫卡斗士。为了地球的和平，勇敢的小俊和炫蓝闪电一起踏上了封装炫卡斗士的冒险旅途，寻求人类和炫卡斗士和谐共存的方式。小俊因此结识了各式各样的炫卡斗士，开展惊险刺激的冒险故事……
