《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
因儿时的一场误会而分道扬镳的姚灵与胡小臻，长大后在学院中再次重逢。痴情女主希望与男主续写甜蜜之旅，却因神秘管理员——马神的出现，“意外”频发。在马神的设计引诱下，二人成为了代理管理员，以帮助灵体达成夙愿为条件，来延续他们的爱情修行。通过一次次任务的历练，胡、姚二人感情日渐深厚，向着正果之路进发。但马神的真实目的逐渐牵连出世界背后的运转法则，越来越多的神秘和危险横亘在男女主之间。
