《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
1913 年 10 月。日之本是一个因大规模铁路线关闭而导致大部分铁路消失的国家。楠是位于熊本县的大市屋市场。通过以蒸汽机车 8620 及其铁路同伴八六为中心的旅游推广，疲惫不堪的经济得以重建。该城市取得了巨大的成功，并成为铁路修复的圣地。为了进一步增强复苏势头，并促进全国各地铁路运营商和马伊特铁路之间的交流，计划举办第1届Maitetsu节。用于控制铁路车辆运行的人形模块“铁路”也由各自的主人从全国各地集结。受到人类每天举行的会议的启发，女孩们决定也想做点什么。铁道峰会由著名铁路公司铃木站主办。他们聚集在车站前的“Amagiro咖啡厅”，绞尽脑汁想要给Maitetsu祭增添更多的色彩。
规则怪谈降临地球，诡异入侵现实，被选中者将进入怪谈世界代表各国挑战诡异。苏晓临危受命代表龙国参赛，首个挑战是死亡率99%的“妈妈的纸条”世界。他抽中SSS级天赋“天生逆骨”，凭借叛逆操作，对诡异大打出手，在各个副本中不断闯关，为龙国争取生机。
