《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
雪月女王江渺的国度沦为玩家厮杀副本，历经无数轮回，看着子民与骑士雷刃不断殒命，她终于解锁系统权限。她发布隐秘任务集结强者，收服顶尖玩家灰鸦，还知晓国师白星暗藏的心意。众人联手打破世界重置规则，对抗潜入的开发者朝正。江渺斩断两界通道，雪月国得以独立，四位守护者相伴，开启新序章。
在森林小镇，羚羚羊老大的初代克隆羊已悉数落网！但这位反派首领并未放弃，选择悄然潜入水城，研发出了各具特色...
