《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
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由于人族的贪婪，其他种族在一次次的混战中逐渐隐匿了痕迹的故事。在这场混战中，水中界被纳入地上界的版图，而除了精灵族之外，其他种族在地上界仍然有活动，但隐藏了真实身份，仅在人类中留下了传说和教会的宣传口号。这部作品通过描绘不同种族之间的互动和冲突，展现了复杂多变的世界观和丰富的角色设定。而人类少女伊琳误打误撞将困于陨石里的精灵拉法尔解救出来，并帮助他寻找精灵的“叛徒”希尔弗。一路上，他们先后结识了队友盖尔、娜娜，经历了许多惊心动魄的冒险，也三番五次地与各种势力交战。但在偶遇希尔弗的那一刻起，拉法尔觉得自己似乎看见了不同寻常的真相，也揭开了一个隐藏上百年的阴谋。
