《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
木春由乃（七濑彩夏 配音）是一名二十岁的平凡少女，孤身一人千里迢迢来到繁华的大都市东京，本以为能够在这里闯出一片属于自己的新的天地，哪知道面试了三十家公司都均已落选告终。一时之间，由乃不知道自己的未来该何去何从。在最迷惘的时刻，由乃接到了一份来自间野山市的邀请函，邀请她前往那里就职，而她的职位竟然是“国王”。原来，间野山市曾经作为“迷你独立国”而名噪一时，然而，经济泡沫破裂之后，这个小小的国家便立刻沦为了无人问津的普通观光地。而由乃的任务，就是担任间野山观光协会的会长一职，重振间野山市的辉煌。
