年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
在魂灵大陆，武魂决定命运。少年林天在六岁觉醒仪式上，测出先天满魂力十级，觉醒了罕见的双生武魂。他的主武魂是本体武魂，副武魂则是神秘的三尖两刃刀。为了不引人注目，他隐藏了副武魂。在高级学院中，林天结识了温柔坚定的爱人苏灵，以及热血好友赵虎和冷静好友风羽。在一次秘境历险中，林天意外获得珍贵的外附魂骨。在融合过程中，他的本体武魂竟将外附魂骨当作补品直接吸收，从而开启了无上神通天眼。随着实力增强，暗黑宗盯上了林天的天赋。林天与伙伴们携手对抗，巧妙利用双生武魂共享魂环、独立切换的特性，以及天眼的看破虚妄之能，一次次化解危机，最终粉碎暗黑宗的阴谋，踏上巅峰之路。
马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。
