年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
主角云舒在一个绵延了十年的大梦中捡到一个残破的世界，从而开始了他震惊世人的崛起之路。云舒本身天赋异禀，却因为怪病十年不入修行门槛，受尽欺辱。在这个残破的世界中，他获得了取之不尽的灵草、用之不竭的精矿，以及一具和他一模一样的身体，身上还携带着重宝。凭借这些无尽的机缘，云舒走上了逆天地、定轮回、再造乾坤的道路。
阿久津瑛太是一位孤独、内向的机甲宅男。他甚至还暗恋过一个女孩。她是吾妻真希奈，一位极其美丽、开朗且受欢迎的女孩。一天晚上，马基纳出现在瑛太家门口。她的身体似乎有些奇怪，当她突然露出赤裸的身体时……那是一个机械身体，而不是人类身体！ Makina 是一款专为性爱而打造的人工智能机器人，但其访问成人信息受到限制。 Eita 是一名处女，但对女性有洁癖，而且极其善良。他们两个开始一起生活，不允许任何人透露他们的真实身份！
