年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
在微光原野的晨光城，鬼点子林小宇、细心的沈遇和力大无穷的陆一，偶然发现一颗发光种子长成通往奇境世界的大树，并获得勇气护符。他们收到求助信，从害怕到勇敢接受使命，用智慧与善意化解风滚草团子、回音蘑菇等小麻烦。奇境核心“愿望之泉”因大家的小情绪堵塞，三人意识到需理解与分享，团结所有朋友，以各自特长和真诚之心疏通泉眼。最终，两个世界温暖相连，三人的友谊与勇气成为最坚固的桥梁。
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