前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
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小豆与伙伴们继续踏上寻找散落灵宠的旅途。在感化了孤傲驭宠师齐麟、战胜了心魔危机后，小队在回归通道遭遇魔化联盟的终极伏击。小豆融合众人力量觉醒为“仙灵少女”击败强敌，却迎来了更大的世界危机……
在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦恼精灵为目标的史前大冒险！在冒险中他们不仅认识了强族先知和不那么平凡的原始人“阿焰”，还发现了烦恼精灵的惊天秘密，先知与超迷你战士是否能突破迷雾找到真相，打败烦恼，守护世界和平呢？
