前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
《黄洞洞超级懂》是专为3~9岁儿童打造的原创爆笑科普类动画。以精彩的冒险故事，带出数学、化学、物理、生物等各种科学知识，将科学知识融入趣味故事，用孩子喜欢的幽默方式讲述科学，让知识学习变得轻松愉快。剧中以小奶酪“黄洞洞”为主角，带领小读者畅游生活中各种不可思议的场景，引导孩子亲身体验科学的奥妙。通过富有想象力、节奏紧凑的冒险故事，让孩子在欢声笑语中收获知识、爱上探索。
