1989年，日本。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
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浩瀚宇宙，人类对维度的认识还很有限，在人类已知的维度之外还存在着其他高级维度世界。在质维里，暗维阵营想要侵占更多的维度空间扩大领地，而光维则守护着其他维度与他们战斗着。在他们最后的战场地球上，光维将自己和暗维一起降维成平面。两个阵营的维灵也留在了地球。只有少数拥有解封维度力量的人类，可以将维灵从平面变回立体。他们被称之为“维将”。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
