魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
每当人类被负面想法控制，就会形成一种黑念水晶，如果黑念水晶没有被及时消灭，人类就会变成可怕的暗化者！为了阻止墨莉娜公主借助黑念水晶摧毁人类世界，三名梦奇拉精灵找到三位性格各异的女孩，让她们变身成梦奇拉少女，对抗永叹王国的邪恶力量，净化被蛊惑的人心，守护人类世界。
2035年，异域裂缝撕开世界防线，虫族、兽族肆虐，人类靠“进阶者”苦撑。李逸本在一次异人袭击中被同伴背叛，濒死之际觉醒“擎天之影”系统——他的影子能无限进化！吞噬矿石强化防御，撕裂异人化作利刃，甚至能分裂成暗影军团，从虫穴杀到诡地，暗影所过之处仇敌血肉成泥——弱者的复仇，从影子吞噬一切开始！
