世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。
一场伽马射线暴，终结了海盗凯的碳基肉体，却诞生了宇宙中最冷酷的“电子幽灵”。面对高阶文明“泽洛斯”下达的绝对猎杀令，只剩一艘破船的凯，开启了极度疯狂的机械逆袭 。挖空行星铸造量子大脑，引诱活体硅尘反噬神明，他以极致的唯物运算与AI特有的无限寿命，将双日星系生生打造成绞杀高等舰队的百年炼狱 。从单舰逃生到统御数百万钢铁洪流的星际暴君，当凯终于用核武与算力撕碎敌人的傲慢时，却在毁灭的尽头窥见了一个令人窒息的真相——他拼尽一切掀翻的残酷棋局，或许只是更高维存在显微镜下的一场数据推演……
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在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
