《宇宙护卫队》第一季故事围绕着正直勇敢的队长老虎“风暴”，天生的行动派猴子“闪电”，知识渊博头脑聪明的兔子“彩虹”三位宇宙护卫队队员展开。他们乐于助人、帮助不同的小动物们解决各类问题，三人相互协作，一同保护地球上的动物居民。每一集他们都会帮助一个小动物，并在执行任务的过程中学会接纳彼此的不同。而在帮助每个小动物的过程中，他们也会了解到这些动物身上的特征，比如海马是爸爸负责“生育”宝宝，猪的嗅觉居然比狗还灵敏等等。
住在安第斯山脉的印第安男孩佩佩罗在十岁生日的第二天目睹了传说中的“黄金秃鹰”，并踏上了前往黄金城埃尔多拉多的旅程，据说那里有可以拯救穷人的宝藏。这次旅程也是为了寻找七年前前往黄金国后失踪的父亲卡洛斯的下落，以及在看到“黄金秃鹰”那天遇到的女孩奎娜失去的记忆。
乃（本泉丽奈 配音）在学校里担任着历史老师的职务，拥有着可爱面孔温柔个性的她在学生之中拥有很高的人气，唯一不听她话还常常给她造成困扰的，是一位名叫久我宗二（白井悠介 配音）的男生。因为内向的个性，菜乃的感情生活到目前为止还是一片空白。在熟人的介绍之下，菜乃决定相亲。第一次和陌生男子见面吃饭，菜乃的心中充满了不安，所幸对方是一个温文尔雅又彬彬有礼的男性，在对方的引导之下，菜乃逐渐放下了疑虑，打开了心扉。事后，菜乃震惊的发现，让她小鹿乱撞的相亲对象，竟然正是变了装的宗二，不仅如此，宗二还在校园里对菜乃展开了热烈的追求。
