《宇宙护卫队》第一季故事围绕着正直勇敢的队长老虎“风暴”，天生的行动派猴子“闪电”，知识渊博头脑聪明的兔子“彩虹”三位宇宙护卫队队员展开。他们乐于助人、帮助不同的小动物们解决各类问题，三人相互协作，一同保护地球上的动物居民。每一集他们都会帮助一个小动物，并在执行任务的过程中学会接纳彼此的不同。而在帮助每个小动物的过程中，他们也会了解到这些动物身上的特征，比如海马是爸爸负责“生育”宝宝，猪的嗅觉居然比狗还灵敏等等。
超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
