随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
十万年前，忘仙宗老祖陈玄无敌于天下却在巅峰时退隐，无人知晓，他是因系统金手指故障无法继续突破，担心晚节不保，才隐居世间的。某天，宗门后代女弟子前来求救，却让系统成功重启。只要培养后代，他可以继续变强，可以继续独断万古！躲了十万年的玄天帝，带着全新的金手指出山了。
