随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
1913 年 10 月。日之本是一个因大规模铁路线关闭而导致大部分铁路消失的国家。楠是位于熊本县的大市屋市场。通过以蒸汽机车 8620 及其铁路同伴八六为中心的旅游推广，疲惫不堪的经济得以重建。该城市取得了巨大的成功，并成为铁路修复的圣地。为了进一步增强复苏势头，并促进全国各地铁路运营商和马伊特铁路之间的交流，计划举办第1届Maitetsu节。用于控制铁路车辆运行的人形模块“铁路”也由各自的主人从全国各地集结。受到人类每天举行的会议的启发，女孩们决定也想做点什么。铁道峰会由著名铁路公司铃木站主办。他们聚集在车站前的“Amagiro咖啡厅”，绞尽脑汁想要给Maitetsu祭增添更多的色彩。
艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托.....「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?
