过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
文化枢纽守护者玉龙化身凌小玉，与伙伴羊光光、菲袅遭遇魔盗联邦入侵。反派为从根源摧毁龙文化，穿越至五千年前的凌家滩，主角团紧随其后却失去所有超能力。他们被先民误认邪灵，结识质疑祭司谎言的少年阿福。反派破坏龙脉引发天灾，蛊惑先民砸碎玉器、颠覆信仰。凌小玉的“维持秩序”与阿福的“揭穿谎言”双双失败，最终阿福牺牲自我唤醒龙脉，凌小玉放下执念与之共振击退反派。先民将二人形象雕成玉龙与玉人，成为后世凌家滩文物的由来。
