过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
在文明遍布星河的银河系，星际拾荒者凯恩与养父老杰克，搭乘“破晓号”飞船漂泊宇宙，靠打捞太空垃圾维生。一次意外，他获得了蕴含改变银河系命运的远古星核碎片。邪恶组织“虚空收割者”正搜寻碎片，妄图启动“归零协议”，释放暗黑势力覆灭银河。凯恩邂逅前星际联盟特工薇拉，二人并肩作战，对抗黑暗势力，粉碎阴谋，守护人类与银河系的存续。
