宅博士的父亲宅再佳在勇敢之城探索时失踪，现场唯一留下的一副斗兽棋，也在与反派的争夺中被打散，并幻化成八只棋兽，分散在勇敢之城各个大陆。为了知道斗兽棋中隐藏的秘密，从而找到宅再佳的下落，超人们踏上了收服斗兽棋之旅。随着超人们的进一步调查，他们发现事情远没自己想的那么简单，一个更大的阴谋正逐步浮出水面。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
