《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
东方月初获得一气道盟比武大赛的冠军时，涂山正面临严峻的考验。黄风岭大当家金麟灵的兄弟被人类所杀，涂山红红力推的妖盟陷入困境。为了向人妖和平的目标继续努力，红红只身前往黄风岭。在那里，是凤牺精心布下的陷阱……
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。
长谷川康太，17岁，高中2年级。过着极度平凡日子的康太，与同样就读圣川高中的水野祐、吉野俊介、西宫谅、源诚一郎相遇了。与此同时，他那平凡的日常开始被闪耀的光芒点缀出色彩——。这样的三丽鸥男子们的相遇与闪耀的青春物语。即将开始的，我们的故事——。
