《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
依然是我们熟悉的那片宁静同时又乐趣多多的农场。固执、没有耐性却又勇于尝试各种新鲜事物的农场主，古灵精怪的小羊肖恩和他的羊羊伙伴们。大家总能趁主人不注意将许多电器玩出新花样，新层次，小羊肖恩的故事继续上演，他们的快乐生活没有止境！
男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
