心怀对同伴的思念，向自己所相信的道路前进！经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗，以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别，纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。另一方面，“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令，自己也隐藏了行踪。此后约1年，露西一边做着见习记者的工作，一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。之后，在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天，结束了修行的纳兹出现在露西面前！宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活，怀着同样的信念，纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了！！
"具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！ 为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！ 迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
