因为家人工作的原因，原本生活在繁华大都市的鹤木阳渚（高尾奏音 配音）搬到了风景秀美的乡下，并且进入了那里的学校就读。并不适应室外作业的阳渚本想加入学校的手工社团，哪知道在误打误撞之下遇见了名为黑岩悠希（筱原侑 配音）的前辈，在前辈的威逼利诱之下，阳渚最终加入了悠希所在的海堤社。个性大大咧咧，运动神经极为发达的帆高夏海（川井田夏海 配音）、性格沉稳，尤其擅长烹饪的大野真（明坂聪美 配音），再加上一个非常习惯恶搞社员，思维过于活跃和跳跃的社长悠希，阳渚充满了欢笑和汗水的课后部活就此拉开了序幕。
穿越而来的绫歌化身娇俏伪娘，横扫东神州，只求安稳度日。奈何实力太过逆天，日常琐事皆不经意展露锋芒，频频引来各方势力与慕名挑战者。他一边无奈摆平麻烦，一边将平淡生活过出别样精彩，上演归隐大佬的反差日常。
不是全部。然而，埃利亚斯，智世能够接受自己了。卡塔菲鲁斯睡了一会儿，致恢复日常生活的她,到达的是魔术师的,这是对互助组织“学院”的邀请。大英图书馆的地下室...与以往不同的魔法师社会。与“人”的相遇和互动打开一扇新门。这是一个拯救我（你）的故事。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
讲述可自由变换与行动的12只谜样深悟，与来自地狱的使者共同出现在人间界，住在人类三姊妹的家中秘密实行将人间界变成地狱的计划。
