小学生静香、大雄、小夫和胖虎是四个最亲密的伙伴，说是亲密伙伴，是因为他们四个经常在一起玩，但小夫和胖虎经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象，他胆小内向，经常被小夫和胖虎欺负得大哭着跑回家。不过，大雄家里住着来自未来的机器猫——哆啦A梦，哆啦A梦经常会看到大雄被欺负忍不住拿出一些未来世界的“法宝”帮助他，不过大雄大多数都会滥用这些“法宝”去作弄人，最后经常导致局面不可收拾，笑料百出……
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
