斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
青年顾野与天才黑客鹿晨遭鼎盛集团杀害，意外重生为黑猫与白鼠，发现对方正进行非法意识转移实验并夺取二人躯壳。为抢回身体、揭露阴谋，一猫一鼠组建动物情报网，闯地下斗狗场收猛兽，破克隆仓库，直捣空间站核心。途中揭穿慈祥老院长的幕后黑手身份，在克隆迷宫、高压毒气、十倍重力与意识深渊中死斗，最终夺回原装肉身，携林婉儿重返海港市。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
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