在充满奇幻能量与多元生命形态的异世界中，青年守护者唐卡凭借独特的感知能力"星辰之眼"维护不同族群间的和谐共处，少女庄小冉突发意外，觉醒了能与神秘能量产生共鸣的特殊体质，踏入这个奇妙的异世界。被唐卡救助后，两人在相处中发现了她的身世之谜，因此揭开两个古老组织"自然守护团"与"生命议会"的理念碰撞。
以拯救蓝星为目的被制造出来“最强胚胎”品翔，被寄以厚望，将在被设定好的时间设定好的地点设定好的足球比赛中，一脚拯救世界！可他点错天赋，熟练的掌握了各种无关紧要的技能，除了足球......
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
东方青苍大战后重返苍盐海，竟落入孔雀军师的陷阱，一波未平，一波又起，另一边，战神赤地频繁现身于小兰花的梦境之中，所为何意？东方青苍与小兰花的冤家旅程行至半途，游离于三界之外的影三界进入众人视野，一个关乎三界平衡的巨大隐秘逐渐浮出水面。
