一场突如其来的神秘爆炸摧毁了X学院，X教授与Jean Gray失踪。镭射眼因此而意志消沉，领队的责任落在了野性的金刚狼的肩上。除了万磁王等一干强大敌人，金刚狼的过去也如幽魂般困扰着他。20年后，X教授从昏迷中醒来，看到的是一幅末日景象：巨大的机器人统治了世界，人类与变种人都濒临灭绝。X教授借助脑波机向现代的X战警传达指示：改变未来，拯救世界！ 事件的背后隐藏着怎样的真相？ 不请自来的白皇后又有何目的？ 金刚狼能否率领X战警力挽狂澜？
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
