一场突如其来的神秘爆炸摧毁了X学院,X教授与Jean Gray失踪。镭射眼因此而意志消沉,领队的责任落在了野性的金刚狼的肩上。除了万磁王等一干强大敌人,金刚狼的过去也如幽魂般困扰着他。20年后,X教授从昏迷中醒来,看到的是一幅末日景象:巨大的机器人统治了世界,人类与变种人都濒临灭绝。X教授借助脑波机向现代的X战警传达指示:改变未来,拯救世界! 事件的背后隐藏着怎样的真相? 不请自来的白皇后又有何目的? 金刚狼能否率领X战警力挽狂澜?
在防卫队长官·四之宫功的判断下,日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运,但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令,纷纷赶赴各自要去往的新部队时,率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡,为了让他认可自己,卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时,“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…