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美星、小月、菲洛三位魔法少女历经环境与人事变迁后，各自走上截然不同的职业道路。这时，由王子所建立的“星阁”正好面临着重组王国王庭的局面。却不料，重组过程中各方势力纷纷展开波诡云谲的斗争，美星、小月、菲洛在家族与权威力量的影响下，被卷入这场角逐，不得不为各自家族的利益而明争暗斗。最终她们在无止境的斗争中寻回真挚的...
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
