1937年，日本帝国主义的铁蹄蹂躏中原，巍巍古都南京沦陷，数万军民被丧失人性的侵略者残忍杀害。尸横遍野，血流成河，当年繁华的南京城已经成为令人不忍卒睹的人间地狱。侵略者无视国际条约，对西方国家划定的安全区也垂涎三尺。在市中央，置身于炮火硝烟之中的圣马德伦教堂巍峨耸立，竭尽全力庇护来此避难的人们。神父不愿离去，法比（张嘉译 饰）硬撑着留下来陪伴。生活在最底层的玉墨（宋佳 饰）、春池（高叶 饰）、豆蔻（张可佳 饰）等人辗转来到教堂，可即便落难如斯仍不免遭受其他同胞的蔑视和嘲讽。
2010年，香港警队刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）前往泰国曼谷，与当地潜伏的卧底追查跨国贩毒线。谁知过程中吉运帮头目Pak Key及其手下乐少锋（周柏豪 饰）突然介入，打乱计划。卓凯一行撤退时更遭遇一场精心策划的大爆炸，导致其他卧底命丧火海。返港之后，卓凯心灰意冷，有意辞职。就在此时，香港最大的社团长兴祸起萧墙，昔日同袍持刀相向，大战一触即发。另一方面，高级督察黎瑞权（张兆辉 饰）唯恐长兴内部的5个卧底身份曝光，情急之下删掉卧底档案。
资深病毒学家安雅·马尔科娃放弃了在莫斯科的个人和职业生活，搬到新西伯利亚的病毒学中心工作。她显然是在试图逃避某种个人的痛苦，但命运在新地方给了她另一个考验 - 因附近一个大型肉联厂非法倾倒行为，导致一种未知病毒的爆发。为了弥补过去的错误，安雅决定亲自调查这个村庄。然而，当地居民不信任现代治疗方法，也没有意识到危险，对病毒学家充满敌意。村庄中，一场新型疫情开始蔓延…
一名母親隱藏自己的謎樣過往，帶著女兒像無名逃亡者般生活。她們以旅館為家，將所有人都視為危險威脅。
