基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
青年顾野与天才黑客鹿晨遭鼎盛集团杀害，意外重生为黑猫与白鼠，发现对方正进行非法意识转移实验并夺取二人躯壳。为抢回身体、揭露阴谋，一猫一鼠组建动物情报网，闯地下斗狗场收猛兽，破克隆仓库，直捣空间站核心。途中揭穿慈祥老院长的幕后黑手身份，在克隆迷宫、高压毒气、十倍重力与意识深渊中死斗，最终夺回原装肉身，携林婉儿重返海港市。
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
