继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
三位超能小女警拥有无与伦比的超级力量，她们在睡前打击犯罪，用自己的“女孩力量”守护家园和身边的小镇居民们。
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林飞身为上古神尊，拥有无尽寿元，长生万万年，曾点化过数不尽的门徒。时过境迁，不灭之神降临都市，才发现就连昔日最不争气的弟子后代，如今也成为了赫赫有名的人物，而围绕林飞的隐藏阴谋也在暗中展开。不灭之神必证最强之道！杀敌要诛心，打脸要彻底——“我，只不过是个大罗金仙！”。
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
