古罗沙被初期化后，以为回复和平的网络世界突然受到名为巴古病毒的入侵。中学生春日结再次被安排进入网络世界变身成守护星阿结；另外不知道从何处来名为“守护星阿爱”的人登场，她的目的是要找一个名为阿爱的小女孩，而这个小女孩阿爱正好又跟巴古病毒连上关系……
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
