古罗沙被初期化后，以为回复和平的网络世界突然受到名为巴古病毒的入侵。中学生春日结再次被安排进入网络世界变身成守护星阿结；另外不知道从何处来名为“守护星阿爱”的人登场，她的目的是要找一个名为阿爱的小女孩，而这个小女孩阿爱正好又跟巴古病毒连上关系……
喜羊羊及灰太狼等一众守护者们为了提升能力，进入深山密林进行特训，他们分别找到了传说中的两所训练营，羊狼们分别进入不同的训练营，开始了各自神奇奇术和炫酷发明的训练生涯。训练过程中笑料频出，大家克服重重困难学到了本领，也建立起深厚的友谊，两大阵营联手迎击来自未知世界的反派，开启羊村守护者全新的篇章。
